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在高等教育交流合作方面，香港与内地高等教育交流合作逐步形成优势互补、协同发展的良好局面。

香港有5所全球100强大学与高度国际化的优势，高校在大湾区开展合作办学，为建设国际一流湾区发挥战略支撑作用的角色。在此其中，香港浸会大学与北京师范大学于珠海合办联合国际学院，香港中文大学与深圳大学合办香港中文大学（深圳）。香港科技大学（广州）已于今年9月正式开学。香港城市大学、香港都会大学、香港理工大学及香港大学也正积极推动合作办学项目。

除此之外，自2012/13学年起，香港特区政府通过“内地高校招收香港中学文凭考试学生计划”，鼓励香港青年到内地升学，推动人才交流。

香港职业训练局（职训局）积极与内地的职业学院及机构交流合作，提升两地职业教育和人才培训的水平。职训局于2008年与深圳职业技术学院（深职院）首次合办高级文凭课程；于2021年与深职院签署新协议，按双证书合作课程模式，合办高级文凭课程，又为区内酒店、护老等行业提供人才培训。

2004年至今，已有约780所香港学校与内地学校缔结成超过2100对‘姊妹学校’，在学校、教师、学生及家长多个层面，进行互访及多元化的活动。（王开成  综合报道）